Лечение и реабилитация в центре «Ковчег» проходят в несколько этапов. Каждый этап проводится в определенном месте, где есть все необходимое оборудование и оснащение. В самом центре в Красноярске есть специальная комната для проведения психотерапии, где проводится первая мотивирующая беседа с зависимым, в последующем проводятся сеансы психотерапии с семьей зависимого.
Перед длительной реабилитацией проводится медицинский этап в частном медицинском центре «Ильмедика».
После медицинского этапа зависимый изолируется в загородном доме на срок до 9 месяцев. Загородный дом находится в Сухобузимском районе, в живописном месте в 100 км от Красноярска.
С зависимыми работают и постоянно находятся рядом психологи, специалисты по химической зависимости, инструкторы ЛФК, медицинские работники.